Es gibt limitierte Hinweise dafür, dass Clonidin die Blutkonzentrationen von Ciclosporin erhöhen kann. Bei einem 3-jährigen nierentransplantierten Jungen kam es kurze Zeit nach Wechsel der antihypertensiven Medikation von Minoxidil auf Clonidin zu einem starken Anstieg der Ciclosporin-Blutkonzentrationen. Diese fielen nach Absetzen von Clonidin wieder ab. In einer älteren Studie führte transdermal appliziertes Clonidin bei Knochenmarktransplantierten zu erhöhten Ciclosporinkonzentrationen.