Die Stiftung bezweckt das Andenken an den liberalen St. Galler Staatsmann Arnold Otto Aepli (1816-1897) zu bewahren sowie seine Persönlichkeit und sein Wirken einer breiteren Öffentlichkeit bekannt zu machen. Sie unterstützt die Verbreitung von Informationen über A.O. Aepli und seine Zeit und fördert Forschungsvorhaben mit Bezug zu A.O. Aepli, seiner Zeit sowie seinen Zeitgenossen insbesondere die weitere Erschliessung von A.O Aeplis Nachlass. Die Aepli-Stiftung richtet jährlich in Zusammenarbeit mit den Mittelschulen der Kantone St. Gallen, Appenzell-Ausserrhoden und -Innerrhoden den Aepli-Preis für geisteswissenschaftliche Matura-Arbeiten aus. Die Stiftung ist im Rahmen der Zwecksetzung in der Ostschweiz tätig. Die Stiftung hat gemeinnützigen Charakter und verfolgt keinen Erwerbszweck. Sie erstrebt keinen Gewinn.